Au chevet de Saint-Étienne
入主圣埃蒂安

Lors du mois d'août 2008, Perrin refuse une offre du FC Nantes et devient par la suite, avec son adjoint, consultant pour la chaîne cryptée Canal+. Le 12 novembre 2008, il accepte de succéder à Laurent Roussey à la tête de l'AS Saint-Étienne. Celui-ci vient d'être remercié après la lourde défaite à domicile des Verts qui précipite le club dans la zone de relégation. Alain Perrin est une nouvelle fois accompagné par son adjoint Christophe Galtier. Son arrivée n'est pas immédiatement convaincante puisque les Verts perdent alors à deux reprises contre le LOSC et l'OGC Nice, ce qui provoque leur chute à la 20e place à l'issue de la 15e journée de Ligue 1.

佩林离开里昂之后拒绝了南特俱乐部的邀请，于2008年8月与其助手出任Canal+电视台的解说嘉宾。同年12月12日，他接替洛朗·胡塞执掌圣埃蒂安队。后者因球队主场惨败徘徊于降级区而被迫下课。佩林再次携手昔日助手克里斯托弗·加尔蒂埃重出江湖。但佩林的入主并不能立即解决圣埃的痼疾，在其执教的头两场比赛中，圣埃先后负于里尔和尼斯，及至法甲第15轮，圣埃排名落至20位。

L'AS Saint-Étienne enregistre par la suite deux succès consécutifs face à l'AS Nancy Lorraine et face au Havre AC. La saison des Verts reste tourmentée par plusieurs revers, et il faut attendre la dernière journée pour que leur maintien soit assuré. Un succès 4-0 face à Valenciennes leur permet de sortir in extremis de la zone rouge, alors que Caen, qui vient de perdre contre les Girondins de Bordeaux(sacrés champions grâce à ce succès), est relégué en Ligue 2 en compagnie du Havre et de Nantes.

两连败后的圣埃蒂安知耻后勇，连续拿下南锡-洛林和勒阿弗尔迎来触底反弹。圣埃在这个赛季中经历了诸多的大起大伏，直到最后一轮才保级成功——4 :0战胜瓦朗谢讷后成功脱离降级区，而同时，其竞争对手卡昂由于负于最终加冕冠军的波尔多而与勒阿弗尔和南特一起降入法乙。

Le 15 décembre 2009, suite a une série de mauvais résultats au sein de l'AS Saint-Étienne, Alain Perrin est limogé de son poste d'entraîneur et est remplacé par son adjoint Christophe Galtier.

2009年12月15日，由于圣埃蒂安队内的一系列风波，佩林黯然挂印而去，他的继任者是其原先的助手克里斯托弗·加尔蒂埃。